Можно ли в программе использовать два юрлица?

Да, конечно можно! Для этого нужно в справочнике "Фирмы" программы сделать две записи о ваших двух фирмах и заполнить там же все их реквизиты.

В окне "Договор проката" есть поле "Фирма", в котором нужно будет указывать к какой фирме относится данный договор.

Если у вас автомобили закреплены за фирмами, то в записи о каждом автомобиле нужно тоже выбрать "Фирму".

Нужно подредактировать ваши файлы-шаблоны печатных документов так, чтобы там все реквизиты фирмы были указаны не текстом, а при помощи обозначений типа #FirmName#, 141435, Россия, Московская обл., г. Химки, квартал 1, ул. Ивановская, дом 3 к 2, #FirmDirecror# и т.п.

Полный список обозначений смотрите здесь: pisoft.ru/aprok/repmenu